未在限期内进行备案，是否还能享受相关税收优惠？
企业所得税优惠备案是指企业根据《企业所得税优惠事项备案管理目录》，自行判断符合税收优惠条件的，可以自行享受优惠，并履行备案手续。年度终了汇算清缴结束后，税务机关根据备案资料等进行审核，实施后续管理。企业享受备案类税收优惠，应当具备相应的资质，并履行规定的备案手续。那么，如果企业没有在限期内按照相关规定进行备案，是否还能享受税收优惠呢？我们通过两个案例来和大家进行探讨。
一、特殊性重组业务税务处理案例分析
（一）案例介绍：
某企业因为没有履行特殊性重组业务税收备案程序，被主管税务机关要求就其股权转让所得补缴税款及滞纳金共计1200万元。该公司商业目的合理，且同时符合特殊性税务处理的实质条件,但没有事先履行书面备案程序。税务机关最终认定该公司不符合特殊性税务处理条件，要求其按照股权转让一般性税务处理的适用政策和程序补缴税款及滞纳金。
（二）处理依据：
1.《财政部、国家税务总局关于企业重组业务企业所得税处理若干问题的通知》（财税[2009]59号）第十一条：企业发生符合本通知规定的特殊性重组条件并选择特殊性税务处理的，当事各方应在该重组业务完成当年企业所得税年度申报时，向主管税务机关提交书面备案资料，证明其符合各类特殊性重组规定的条件。企业未按规定书面备案的，一律不得按特殊重组业务进行税务处理。
2.《企业重组业务企业所得税管理办法》（税务总局公告2010年第4号）第十六条：企业重组业务，符合《通知》规定条件并选择特殊性税务处理的，应按照《通知》第十一条规定进行备案；如企业重组各方需要税务机关确认，可以选择由重组主导方向主管税务机关提出申请，层报省税务机关给予确认。 采取申请确认的，主导方和其他当事方不在同一省（自治区、市）的，主导方省税务机关应将确认文件抄送其他当事方所在地省税务机关。 省税务机关在收到确认申请时，原则上应在当年度企业所得税汇算清缴前完成确认。特殊情况，需要延长的，应将延长理由告知主导方。
（三）存在问题：
1.相关条款已废止。《国家税务总局关于企业重组业务企业所得税征收管理若干问题的公告》（国税总局公告2015年第48号）第十二条：本公告适用于2015年度及以后年度企业所得税汇算清缴。《国家税务总局关于发布〈企业重组业务企业所得税管理办法〉的公告》（国税总局公告2010年第4号）第十六条同时废止。
2.业务核准已取消。《国务院关于取消非行政许可审批事项的决定》（国发〔2015〕27号）国务院决定取消的非行政许可审批事项目录第四十七项：企业符合特殊性税务处理规定条件业务的核准。
3.处理程序已变更。国税总局2015年第48号公告第四条：企业重组业务适用特殊性税务处理的，除财税〔2009〕59号文件第四条第（一）项所称企业发生其他法律形式简单改变情形外，重组各方应在该重组业务完成当年，办理企业所得税年度申报时，分别向各自主管税务机关报送《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》和申报资料。合并、分立中重组一方涉及注销的，应在尚未办理注销税务登记手续前进行申报。重组主导方申报后，其他当事方向其主管税务机关办理纳税申报。申报时还应附送重组主导方经主管税务机关受理的《企业重组所得税特殊性税务处理报告表及附表》。
（四）具体结论：
企业符合特殊性税务处理规定条件业务的核准已被国务院取消，2015年度及以后年度的符合条件的重组业务，重组各方只需在业务完成当年办理企业所得税年度申报时，分别按规定向各自主管税务机关报送报告表及相关资料。
二、西部大开发企业所得税税收优惠案例分析
（一）案例介绍：
某企业成立于2015年4月，属于设在西部地区的鼓励类产业企业，根据《财政部、海关总署、国家税务总局关于深入实施西部大开发战略有关税收政策问题的通知》（财税[2011]58号）的相关规定，自2011年1月1日至2020年12月31日，可以减按15%的税率征收企业所得税。该企业2016年未按规定进行备案就按照15%的优惠税率进行了2015年度企业所得税的申报缴纳，税务机关要求其按25%的税率计算企业所得税应纳税额并补缴税款。
（二）处理依据：
《国家税务总局关于印发<税收减免管理办法（试行）>的通知》 (国税发〔2005〕129号)第五条：纳税人享受报批类减免税，应提交相应资料，提出申请，经按本办法规定具有审批权限的税务机关（以下简称有权税务机关）审批确认后执行。未按规定申请或虽申请但未经有权税务机关审批确认的，纳税人不得享受减免税。
纳税人享受备案类减免税，应提请备案，经税务机关登记备案后，自登记备案之日起执行。纳税人未按规定备案的，一律不得减免税。
（三）存在问题：
1．未按规定备案不得减免税的文件已废止。《税收减免管理办法》（国税总局公告2015年第43号）第二十八条：本办法自2015年8月1日起施行。《税收减免税管理办法（试行）》（国税发〔2005〕129号印发）同时废止。
2. 不得以事前核准性备案方式变相实施审批。《国家税务总局关于税务行政审批制度改革若干问题的意见》（税总发〔2014〕107号）第十一条：各级税务机关应当严格区分行政审批和备案管理方式，不得以事前核准性备案方式变相实施审批。实施备案管理的事项，纳税人等行政相对人应当按照规定向税务机关报送备案材料，税务机关应当将其作为加强后续管理的资料，但不得以纳税人等行政相对人没有按照规定备案为由，剥夺或者限制其依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。纳税人等行政相对人未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。
3.未按照规定备案的可以补办备案手续。《企业所得税优惠政策事项办理办法》（国家税务总局公告2015年第76号）第十六条：企业已经享受税收优惠但未按照规定备案的，企业发现后，应当及时补办备案手续，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。税务机关发现后，应当责令企业限期备案，并提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。
（四）具体结论：
1.履行备案手续不是享受税收优惠的前提条件。税务机关不能以未按规定备案为由剥夺或限制纳税人依法享有的权利、获得的利益、取得的资格或者可以从事的活动。
2.未按照规定履行备案手续的，应当及时补办备案手续。纳税人未按照规定备案的，不影响享受企业所得税优惠，但应当及时补办备案手续，同时提交《目录》列示优惠事项对应的留存备查资料。
3.未按照规定履行备案手续的，税务机关应当依法进行处理。对纳税人未按规定办理备案手续的行为，属于未按规定报送纳税资料的行为，税务机关可依照《中华人民共和国税收征收管理法》第六十二条：“纳税人未按照规定的期限办理纳税申报和报送纳税资料的，或者扣缴义务人未按照规定的期限向税务机关报送代扣代缴、代收代缴税款报告表和有关资料的，由税务机关责令限期改正，可以处二千元以下的罚款；情节严重的，可以处二千元以上一万元以下的罚款”的相关规定进行处理。
4.应享受未享受税收优惠多缴税款的，可以按规定要求退还多缴的税款。根据《税收减免管理办法》第六条“纳税人依法可以享受减免税待遇，但是未享受而多缴税款的，纳税人可以在税收征管法规定的期限内申请减免税，要求退还多缴的税款”之规定，纳税人应享受未享受减免税待遇而多缴税款的，可以在税收征管法规定的期限内申请减免税，要求退还多缴的税款。